تتخذ الأمانة العامة للاتحاد العربي للعلوم النفسية من العاصمة الأردنية عمان مقرًا لها خلال مرحلة التأسيس. وتتولى الأمانة العامة للاتحاد مسؤولية المحافظة على سجلات الاتحاد ووثائقه، والدعوة والتحضير لاجتماعات الهيئة العامة والهيئة التنفيذية بموافقة الرئيس أو تنفيذ التصويت بين الأعضاء، بالإضافة الى تحضير جدول اعمال اجتماعات الهيئة التنفيذية والهيئة العامة، وتنظيم وقائع ومحاضر الاجتماعات وتأدية المهام الاعتيادية التي يؤديها مكتب الامانة العامة واصدار ما يلزم من تعليمات لتنظيم العمل.

ويتكون فريق العمل في مكتب الأمانة العامة للاتحاد من: